Die ärztlichen und psychologischen Psychotherapeuten des FAPP stehen in der Tradition der von Sigmund Freud (1856–1939) begründeten Psychoanalyse und ihrer weiterführenden Theorien und Schulen.
Die von den FAPP-Mitgliedern durchgeführten psychotherapeutischen Behandlungen sind überwiegend die „Tiefenpsychologisch fundierte Psychotherapie” und die "Analytische Psychotherapie“, die als Einzel- oder Gruppentherapie angewandt werden. Diese Therapieformen werden als wissenschaftlich begründete Heilmethoden von den gesetzlichen und privaten Krankenkassen anerkannt und in bestimmten Grenzen bezahlt. Darüber hinaus bieten Mitglieder des FAPP ein breites Behandlungsspektrum an, wie analytische Kinder- und Jugendlichenpsychotherapie, Gestalttherapie, Paar- und Familientherapie, Gruppentherapie, Sexualtherapie, Traumatherapie, psychodynamische Psychotherapie, autogenes Training, Psychoanalyse. Damit kann ein breites Spektrum der psychischen und psychosomatischen Erkrankungen sowie Persönlichkeitsstörungen behandelt werden.
Die Psychotherapie findet in der Regel im Rahmen einer fachärztlichen oder psychologischen Praxis statt. Ärztliche Psychotherapeuten erbringen zusätzlich auch andere Leistungen, wie die differentialdiagnostische Unterscheidung von organischen und psychosomatischen Erkrankungen (Abklärung von unklaren körperlichen Störungen) oder die Verordnung von Medikamenten.