Die ärztlichen Psychotherapeuten des FAPP stehen in der Tradition der
von Sigmund Freud (18561939) begründeten Psychoanalyse und ihrer
weiterführenden Theorien und Schulen.
Die von den FAPP-Mitgliedern durchgeführten Psychotherapieformen sind die „Analytische Psycho-therapie” und überwiegend die „Tiefenpsychologisch fundierte Psychotherapie”, die als Kurzzeit- oder Langzeittherapie, als Einzel- oder Gruppentherapie angewandt werden. Wie die Psychoanalyse und die Verhaltenstherapie werden diese Therapieformen als wissenschaftlich begründete Heilmethoden von den gesetzlichen und privaten Krankenkassen anerkannt und in bestimmten Grenzen bezahlt. Darüber hinaus bieten Mitglieder des FAPP ein breites Behandlungs-spektrum an, wie analytische Kinder- und Jugendlichen-Psychotherapie, Gestalttherapie, Paar- und Familientherapie, Gruppen-therapie, Sexualtherapie, Traumatherapie, psychodynamische Psychotherapie, autogenes Training, Psychoanalysen u. a. Damit kann ein breites Spektrum der psychischen, psychosomatischen und Persönlichkeitsstörungen behandelt werden.
Die Psychotherapie findet in der Regel im Rahmen einer fachärztlichen Praxis statt. Das bedeutet, dass neben der Psychotherapie auch andere ärztliche Leistungen erbracht werden könnten, wie die differentialdiagnostische Unterscheidung von organischen und psychosomatischen Erkrankungen (Abklärung von unklaren körperlichen Störungen) oder die Verordnung von Medikamenten.